Lebensgrundlage der Bewohner von Pfaffenberg war über all die Jahrhunderte hinweg in erster Linie die Landwirtschaft. Viehwirtschaft und Ackerbau waren die Haupterwerbsquellen der Landwirte. Die Arbeit in dem hängigen Gelände am Abhang des Zeller Blauen war schwer und kräftezehrend und an einen 8-Stundentag war nicht zu denken. Vielmehr arbeiteten die Bauern vom ersten Taglicht bis zur Dunkelheit auf ihren Feldern.
So musste z.B. die Ackerkrume, die durch die Bearbeitung und die Erosion talwärts strebte, wieder mit sogenannten „Tragbahren“ mit menschlicher Muskelkraft wieder an die obere Ackergrenze getragen werden – „Fuhrentragen“ wie die mühsame Arbeit auf den steilen Feldern genannt wurde. Schwierig war auch der Transport der Futtervorräte für die Tiere. So musste teilweise 6-spännig mit Kühen unter dem Joch die Heufuhren aus den Hanglagen unterhalb des Dorfes in die eigene Scheune gebracht werden.
Die Industrialisierung des Wiesentals ab Mitte des 19. Jahrhunderts ermöglichte auch für viele Pfaffenberger die Fabrikarbeit und liess im Laufe der nachfolgenden Jahrzehnte die Landwirtschaft zum Nebenerwerb werden. Der Ackerbau verlor dabei immer mehr an Bedeutung. Auch die Milchwirtschaft, die über mehrere Jahrzehnte über eine eigene landwirtschaftliche Genossenschaft organisiert wurde, hat mittlerweile an Bedeutung verloren. Heute dominiert auch in Pfaffenberg die Rinderzucht in Form der Mutter-Kuhhaltung, bei der Kühe und Kälber gemeinsam auf den Hochweiden naturnah und gesund heranwachsen können. Das gute Fleisch der Hinter- und Vorderwälder-Rinder wird grösstenteils selbst vermarktet.